Agent Craig Willmore bekommt von seinem Chef Shanks den Auftrag 2 FBI-Agenten zu suchen, die verschwunden sind: Mulder und Scully. Ihm zur Seite stehen unter anderem Walter Skinner und eine weitere FBI-Agentin. Es häufen sich sowohl Leichen als auch unheimliche Geschehnisse, welche nicht irdischer Natur zu sein scheinen...
Sie schlüpfen in die Rolle des Agenten Willmore der versucht die beiden ausfindig zu machen. Ihre Aufgabe ist es Indizien zu suchen, Leute zu befragen, Beweisstücke zu sammeln und letztendlich die beiden Agenten wiederzufinden.